طبق توافق قبلي، پيامبر صلي الله عليه و آله وسلم و نمايندگان نجران براي مباهله به محل قرار رفتند. ناگاه نمايندگان نجران ديدند که پيامبر فرزندش حسين عليه السلام را در آغوش دارد، دست حسن عليه السلام را در دست گرفته و علي و زهرا عليهماالسلام همراه اويند و به آنها سفارش مي کند هرگاه من دعا کردم شما آمين بگوييد. مسيحيان، هنگامي که اين صحنه را مشاهد کردند، سخت به وحشت افتادند و از اين که پيامبر، عزيزترين و نزديک ترين کسانِ خود را به ميدان مباهله آورده بود، دريافتند که او نسبت به ادعاي خود ايمان راسخ دارد؛ زيرا در غير اين صورت، عزيزان خود را در معرض خطر آسماني و الهي قرار نمي داد. بنابراين از اقدام به مباهله خودداري کردند و حاضر به مصالحه شدند.

در روايات اسلامي آمده است که چون موضوع مباهله مطرح شد، نمايندگان مسيحي نجران از پيامبر مهلت خواستند تا در اين کار بينديشند و با بزرگان خود به شور بپردازند. نتيجه مشاوره آنان که از ملاحظه اي روان شناسانه سرچشمه مي گرفت اين بود که به افراد خود دستور دادند اگر مشاهده کرديد محمد با سر و صدا و جمعيت و جار و جنجال به مباهله آمد با او مباهله کنيد و نترسيد؛ زيرا در آن صورت حقيقتي در کار او نيست که متوسل به جاروجنجال شده است و اگر با نفرات بسيار محدودي از نزديکان و فرزندان خردسالش به ميعادگاه آمد، بدانيد که او پيامبر خداست و از مباهله با او بپرهيزيد که خطرناک است.

خداوند پيش از نازل کردن آيه مباهله، در آياتي چند به چگونگي تولد عيسي عليه السلام مي پردازد و مسيحيان را با منطق عقل و استدلال روبرو مي کند و از آنان مي خواهد که عاقلانه به موضوع بنگرند. بنابراين پيامبر، در ابتدا سعي کرد با دلايل روشن و قاطع آنان را آگاه کند، اما چون استدلال موجب تنبّه آنان نشد و با لجاجت و ستيز آنان مواجه گشت، به امر الهي به مباهله پرداخت. خداوند در آيه 61 سوره آل عمران مي فرمايد: «هرگاه بعد از دانشي که به تو رسيده، کساني با تو به محاجّه و ستيز برخيزند، به آنها بگو بياييد فرزندانمان و فرزندانتان و زنانمان و زنانتان، و ما خويشان نزديک و شما خويشان نزديک خود را فرا خوانيم؛ سپس مباهله کنيم و لعنت خدا را بر دروغ گويان قرار دهيم».

پيامبر اکرم صلي الله عليه و آله وسلم در مذاکره اي که با هيئت نجراني در مدينه به انجام رسانيد آنان را به پرستش خداي واحد دعوت کرد. امّا آنان بر ادعاي خود اصرار داشتند و دليل الوهيت مسيح را، تولد عيسي عليه السلام بدون واسطه پدر مي دانستند. در اين هنگام فرشته وحي نازل شد و اين سخن خدا را بر قلب پيامبر جاري ساخت: «به درستي که مَثَل عيسي نزد خداوند مانند آدم است که خدا او را از خاک آفريد». در اين آيه، خداوند، با بيان شباهت تولد حضرت عيسي عليه السلام و حضرت آدم عليه السلام ، يادآوري مي کند که آدم را با قدرت بي پايان خود، بدون اين که داراي پدر و مادري باشد، از خاک آفريد و اگر نداشتن پدر گواه اين باشد که مسيح فرزند خداست، پس حضرت آدم براي اين منصب شايسته تر است؛ زيرا او نه پدر داشت و نه مادر. اما با وجود گفتن اين دليل، آنان قانع نشدند و خداوند به پيامبر خود، دستور مباهله داد تا حقيقت آشکار و دروغ گو رسوا شود.

نمايندگان پيامبر که حامل نامه دعوت به اسلام از جانب پيامبر بودند، وارد نجران شدند و نامه را به اسقف نجران دادند. او نيز شورايي تشکيل داد و با آنان به مشورت پرداخت. يکي از آنان که به عقل و درايت مشهور بود گفت: «ما بارها از پيشوايان خود شنيده ايم که روزي منصب نبوت از نسل اسحاق به فرزندان اسماعيل انتقال خواهد يافت و هيچ بعيد نيست که محمد ـ که از اولاد اسماعيل است ـ همان پيامبر موعود باشد». بنابراين شورا نظر داد که گروهي به عنوان هيئت نمايندگان نجران به مدينه بروند تا از نزديک با محمد صلي الله عليه و آله وسلم تماس گرفته، دلايل نبوت او را بررسي کنند.